Hồ hiện nay được chia làm 2 khu vực là hồ Noong I và hồ Noong II. Nguồn nước của hồ này được chảy từ mạch nước ngầm bên trong các hang đá, ngoài ra dòng chảy còn có 3 hang nước ngầm từ Sông Lô đổ về vào. Vì vậy nếu đến hồ Noong - Hà Giang vào mùa mưa du khách sẽ nhìn thấy những đàn cá lại bơi tung tăng từ sông vào hồ, tạo nên một hệ sinh thái dưới mặt nước vô cùng đa dạng. Đây cũng là nét đặc sắc góp phần tô điểm thêm cho không gian “tiên cảnh” diệu kỳ tại đây.