Đáng chú ý, nhiều loài này được liệt kê trong Sách Đỏ Việt Nam và thậm chí cả Sách lục đỏ thế giới. Những loài động vật quý hiếm như sơn dương, gấu, vượn đen tuyền, voọc xám, kỳ đà hoa, rùa đầu to... đều tạo nên sự đa dạng sinh học đặc biệt và làm giàu giá trị sinh thái của Nà Hẩu.